常識の範囲内であれば、実際に事業のためにカフェで仕事をした分は経費として認められます。
ただし、経費として認められるのは「事業のために使った費用」ですので、カフェで仕事をしながら一人で食事をした場合の食事部分は経費にはならない事が一般的です。