Suicaなどの電子マネーは買い物など、交通費以外で利用することもできるため、チャージした金額がそのまま交通費として認められないことが多いようです。
チャージ金額をそのまま経費計上したい場合には、電子マネーは交通費のみの利用とし、履歴を印刷しておきましょう。電子マネーで買い物もしている場合は、履歴を印刷する、あるいはメモとして残し、交通費として使ったものだけを経費として計上しましょう。